学校创办于1938年，前身是国立云南大学农学院，建址昆明市呈贡县，1958年独立建成昆明农林学院，迁址昆明北郊黑龙潭，1962年滇南大学、滇西大学并入昆明农林学院，1969年搬迁至大理州宾川县，1970年迁至原曲靖地区寻甸县，1971年与云南农业劳动大学合并成立云南农业大学，1980年搬回昆明北郊黑龙潭。1983年成为硕士学位授权单位，1993年列为云南省属重点大学，2003年成为博士学位授权单位，2007年设立博士后科研流动站。2008年教育部本科教学评估为优秀，2009年、2013年、2014年省委省政府依托学校教育管理资源分别创办了云南农村干部学院、云南省食品安全管理学院、云南省高原特色农业产业研究院。2013年，经科技部、教育部审核批准建设云南农业大学新农村发展研究院。 截至2023年1月，全日制在校生3.3万余人，高等学历继续教育学生1.5万余人，留学生200余人。学校有校本部和五华校区、普洱校区、西双版纳校区，占地面积3821亩，校舍面积73.26万平方米，教学科研仪器设备总值4.50亿元。学校图书馆是CALIS全国农学文献信息中心成员单位，云南省高等学校图书情报工作指导委员会现代信息技术专业委员会主任单位，2014年获批教育部科技查新站（农学类），截止到2022年底馆藏纸电资源总量达300万余册，现有中外文数据库36个，形成了以农为主，兼顾理、工、经、管、文的综合文献保障体系。学校信息化建设日趋完善，数字校园与智慧校园建设成效明显。学校现设22个学院，涵盖了种植业、养殖业、水利水电、农业工程、农业经济管理以及部分人文社会科学学科。 学校现有在职教职工1899人，其中高级职称870人。有中国工程院院士1人，国家百千万人才工程国家级人选5人；国家万人计划“科技创新领军人才”2人；国务院政府特殊津贴11人；霍英东青年基金2人、青年教师奖2人；云南省有突出贡献优秀专业技术人才6人、云南省政府特殊津贴8人；143人入选云南省“兴滇英才支持计划”，其中科技领军人才2人、云岭学者9人、产业创新人才21人、教学名师7人、首席技师1人、青年人才102人、高层次人才1人（柔性引进）；云南省中青年学术技术带头人及后备人才76人，云南省技术创新人才9人。